Les contrats d'objectifs et de performance (COP) entre l'État et les agences de l'eau sur la période 2013-2018, ont été synchrones avec les 10èmes programmes d'intervention de celles-ci. Le document de performance, joint au budget initial, et le rapport de performance, joint au compte financier, reprenaient les mêmes indicateurs et ont servi de support au pilotage stratégique du ministre en charge de l'environnement.
Les enjeux auxquels ont répondu les agences de l'eau ont été redéfinis dans leurs 10èmes programmes d'intervention. Ils étaient présentés en début des COP et traduits au travers d'orientations stratégiques communes aux six agences, déclinées dans les cinq activités qui constituent le coeur de métier de ces établissements :
- Gouvernance, planification et international
- Connaissance (milieux, pressions)
- Pilotage et mise en oeuvre des politiques d'intervention
- Redevances
- Pilotage de l'établissement et fonctions transverses.
Les contrats d'objectifs et de performance 2013-2018 des 6 agences de l'eau dénombraient 31 indicateurs nationaux (dont 3 indicateurs de contexte, correspondant à des indicateurs définis et suivis au niveau national mais sans cible associée), contre 46 indicateurs pour les précédents COP. Ces contrats d'objectifs ont également fait l'objet d'une révision à mi-parcours pour réévaluer les cibles 20162018, notamment au regard des SDAGE et programmes de mesures 2016-2021 déclinant la directive-cadre sur l'eau (DCE), et préciser la définition de certains indicateurs.
L'action du précédent programme d'intervention des agences de l'eau était centrée sur l'atteinte des objectifs de la directive cadre sur l'eau (DCE) tels que définis par les schémas directeurs d'aménagement et de gestion des eaux (SDAGE - 2010-2015 puis 2016-2021). L'élaboration des SDAGE pour la période 2016-2021 et de leurs programmes de mesures ont fortement mobilisé les agences de l'eau dès le début des 10èmes programmes d'intervention. Ces documents de planification, résolument tournés vers l'action pour l'atteinte du bon état des eaux, s'appuient sur les connaissances acquises au cycle précédent, ainsi que sur la surveillance de l'état des eaux et sur la connaissance des pressions qui s'exercent sur les milieux.
Les actions des agences de l'eau ont ainsi largement contribué à l'atteinte des objectifs des SDAGE, avec notamment, 29 160 km de cours d'eau restaurés dans leur continuité écologique, 101 004 ha de zones humides préservées ou restaurées, 4 294 ouvrages rendus franchissables, 474 169 kg de substances dangereuses éliminées et l'augmentation générale de la biodiversité dans les zones humides.
Les agences de l'eau ont également renforcé leurs interventions en faveur de la lutte contre les pollutions diffuses, notamment d'origine agricole, avec, par exemple, près de 842 captages, définis comme prioritaires dans les SDAGE, pour lesquels les agences de l'eau ont contribué à l'élaboration et/ou la mise en oeuvre d'un programme d'actions. Enfin, les agences de l'eau ont participé à la diminution des pollutions d'origine industrielle ; une réduction de 45% a ainsi été observée sur six ans.
